Au milieu du siècle dernier, le Japon s'apprête à entrer dans l'ère Meiji, passant sans transition du Moyen Age à l'industrialisation. Les samouraïs n'ont plus leur place dans cette société moderne où les guerriers sont moins utiles que les commerçants. Sans emploi, n'ayant plus le droit de porter le sabre, confrontés aux fusils et aux canons, les samouraïs vont peu à peu disparaître pour entrer dans la légende. Kenshin est l'un de ces guerriers perdus. Grand maître de sabre il est devenu un vagabond errant sur les routes du Japon. Mais son esprit chevaleresque et son courage vont faire de cet ancien mercenaire un justicier aimé et respecté.

C'est l'année de la destinée et Kamui Shirō, un puissant psychicien de 15 ans, est retourné à Toyko après une absence de 6 ans. Il retourne pour protéger ses amis d'enfance, mais le destin s'empare de lui et de ses proches. C'est sa destinée de décider du sort du monde et de l'humanité, peu importe s'il veut ou non le rôle.