Barkskins est situé à Wobik, une petite colonie dans ce qui est maintenant la province canadienne de Québec. Alors que l'Église catholique envoie des prêtres jésuites pour convertir les peuples autochtones, la France envoie des serviteurs sous contrat pour peupler son territoire, ainsi que des «Filles du Roi», des jeunes femmes pour être jumelées à des maris, fonder des familles et Aidez les colonies à prospérer. Ce groupe disparate de parias, de voleurs et d'innocents doit traverser des épreuves brutales, des intérêts concurrents et des loyautés enchevêtrées au carrefour de la civilisation: Nouvelle-France des années 1690.

En 1888, une petite communauté est partagée entre les traditions et l'arrivée de l'industrie. Nathan Appleby est un fermier obsédé à prouver l'existence d'une vie après la mort. Il va donc traquer les phénomènes paranormaux et les apparitions de fantômes. Mais à côtoyer ce monde de l'au-delà, Nathan commence à voir et à entendre des choses très dérangeantes...

Une jeune femme solitaire accro à un jeu de réalité virtuelle rencontre une fêtarde qui lui fait découvrir un monde de sensations fortes et de sombres secrets.