La « Magie » que nous connaissons n'est issue ni des légendes, ni des contes de fées. Elle est devenue une réelle technologie depuis près d'un siècle. Plusieurs pays de ce monde s'opposent dans une course à la formation de « Magiciens ». Tatsuya Shiba est un étudiant sans capacités magiques inscrit au Premier Lycée de Magie ; il y étudie avec sa sœur Miyuki, qui se trouve être la meilleure élève parmi les première années.

Takemichi Hanagaki n'a pas vraiment réussi sa vie. Il fait des petits boulots sans intérêt et lorsqu'il apprend que la seule petite amie qu'il ait jamais eu au collège, Hinata Tachibana, a été tuée par l'impitoyable gang Tokyo Manji-kai, il est anéanti. Le lendemain, toujours sous le choc, il est poussé sur les rails de la gare lors d'un mouvement de foule. Mais Takemichi ne meurt pas et quand il se réveille, il est revenu douze ans en arrière. Il va ainsi retrouver ses meilleures années, mais aussi tenter de sauver celle qui l'aime et prendre sa revanche sur la vie...

L'histoire nous entraîne dans le quotidien de Shiki, un orphelin qui a été élevé par des animatroniques dotés d'une conscience dans un parc d'attraction abandonné nommé Granbell Kingdom. Un jour, Rebecca et son chat Happy se rendent à ce parc afin d'enregistrer des vidéos pour le site B-Cube, un cousin éloigné de YouTube. Peu de temps après leur arrivée, ils se font enlever par les résidents du parc. En réalité, il s'agit d'une mise en scène qui est censée forcer Shiki à quitter la planète avec Rebecca et Happy étant donné que les batteries des animatroniques sont en fin de vie. Après vaincu à contre contrecœur les robots, Shiki s'échappe de la planète en compagnie de Rebecca et Happy avec pour but d'explorer le Cosmos Sakura et ainsi trouver Mother, déesse mystérieuse de l'univers.

Alors que le pays tente de se reconstruire après la guerre, deux génies en robotique préparent déjà le terrain à de grandes révolutions technologiques. Umatarô Tenma et Hiroshi Ochanomizu collaborent ensemble au développement d’une intelligence artificielle qui dépasserait l’entendement. Ils créent ainsi un robot nommé "A106" aux capacités extraordinaires. Mais peu à peu, les deux scientifiques en herbe découvrent que leur machine commence à dépasser toutes leurs attentes et possède une conscience qui lui est propre.

Dans un monde régi par la magie, Yuno et Asta ont grandi ensemble avec un seul but en tête : devenir le prochain Empereur-Mage du royaume de Clover. Mais si le premier est naturellement doué, le deuxième, quant à lui, ne sait pas manipuler la magie. C'est ainsi que lors de la cérémonie d'attribution de leur grimoire, Yuno reçoit le légendaire grimoire au trèfle à quatre feuilles tandis qu'Asta, lui, repart bredouille. Or, plus tard, un ancien et mystérieux ouvrage noir décoré d'un trèfle à cinq feuilles surgit devant lui ! Un grimoire d’anti-magie…

L’établissement Fumizuki est une école très particulière qui répartit ses élèves en six classes en fonction de leur score lors d’un examen. Les lycéens ayant les meilleurs résultats iront dans la classe A où un confort maximal pour étudier est assuré tandis que ceux minimisant l’examen seront envoyés dans la classe F, la plus insalubre.Akihisa Yoshii bien qu’étant l’un des plus mauvais étudiants, espère réussir le devoir afin d’atteindre la plus haute classe possible. Cependant, lors de ce dernier, il perd du temps pour venir en aide à une de ses camarades de classe, nommée Himeji, qui finit par s’évanouir. De ce fait, Yoshii et elle se retrouvent ensemble dans la classe F. Devant l’état déplorable des conditions de travail, la classe F décide de former une rébellion à l’aide de l’ESB. Ce système propre à l'établissement permet aux élèves d’invoquer une miniaturisation d’eux-mêmes et d’affronter les classes supérieures pour échanger leur place. La force de leur invocation dépendant uniquement de leur dernier résultat aux examens, la classe F part avec un sérieux handicap dans cette bataille où tous les coups sont permis.