L'histoire débute en 2014 aux côtés de Natsume Akira, un adolescent ordinaire qui semble avoir du mal avec les réseaux sociaux et les nouvelles technologies. Un jour, il décide de changer pour avoir une petite amie, comme son grand frère. Cependant, il décède subitement dans un accident, percuté par un camion. Son cerveau a été la seule chose qu'ils ont pu récupérer et sauver après son accident.Seize années plus tard, la policière Minami Uezono et sa coéquipière androïde Alma récupèrent et activent une IA hautement perfectionnée ainsi qu'une super-arme nommée EX-ARM. Il s'avère que cette fameuse IA est en réalité le cerveau d'Akira ! Ainsi, lorsqu'il transfère sa conscience dans un androïde, ce système lui permet d'utiliser des pouvoirs surnaturels.Akira va dont être forcé de coopérer, malgré lui, avec la la division spéciale de la police gérant la criminalité des androïdes pour pouvoir retrouver ses souvenirs ainsi que son corps.

Ryota Sakamoto est un jeune homme adepte du jeu Btooom! et classé 10e meilleur joueur au monde. Mais du jour au lendemain, sans savoir pourquoi, il est enlevé par des hommes en noir et se retrouve perdu sur une île déserte. Pour survivre, il va devoir suivre les mêmes règles que dans son jeu vidéo favori : repérer les autres personnes perdues sur l’île comme lui et les tuer à l’aide des mêmes types de bombes que dans le jeu. Il se retrouve désormais plongé dans un Battle Royal avec les risques que ça comporte.

Dans le pays de Fiore, il existe parmi le commun des mortels des hommes et des femmes qui manipulent la magie : ils sont appelés des mages. Pour mieux les contrôler, des guildes ont été créées et mises sous la responsabilité du conseil des mages. Outre la nécessité de contrôle des mages, ce réseau a une autre utilité, en effet il permet de fournir un large choix de mages au client, et un large choix de missions au mage par le biais des avis. Parmi toutes ces guildes, une en particulier fait beaucoup parler d'elle : bien sûr par les actes réalisés par ses membres, mais aussi (et surtout) pour les dégâts collatéraux provoqués par ces mêmes membres à chaque mission qu’ils effectuent. Cette guilde s’appelle Fairy Tail. L'histoire se focalise notamment sur les missions effectuées par l'une des équipes de mages de Fairy Tail, composée de Natsu, Lucy et Happy, auxquels viendront se greffer assez rapidement Erza et Grey.