Krypto est un superchien qui vient de Krypton et qui échoue sur Terre, où il est adopté par Kevin, un jeune Terrien avec lequel il va vivre la plupart de ses aventures. Il rencontrera Éclair, le chat d'Andréa, la voisine de Kevin, avec lequel il partagera ses pouvoirs, Ace, le chien de Batman. Il rejoindra ensuite la Patrouille des Chiens de Chasse.

L’héroïne de la série est une licorne violette nommée Twilight Sparkle, qui est l’élève de la princesse Celestia, la souveraine d'Équestria. Étudiante extrêmement sérieuse, elle ne prend pas le temps de se lier d'amitié avec ses camarades. Par hasard, elle découvre qu'une terrible prédiction menace d'enfermer Équestria dans une nuit éternelle. Mais lorsqu'elle en avertit la princesse, celle-ci l'envoie dans le village de Poneyville avec la mission de se faire des amies et de vérifier la préparation de la fête du Soleil d'été prévue pour le lendemain. À contrecœur, la jeune licorne s'exécute et fait la connaissance des autres personnages principaux : Rainbow Dash, Pinkie Pie, Rarity, Fluttershy et Applejack. Cependant Twilight Sparkle avait vu juste : la prophétie semble sur le point de se réaliser et ce n'est qu'accompagnée de ses nouvelles amies qu'elle pourra sauver le royaume.