En 1931, le shogun Yoshinobu Tokugawa a 94 ans et exerce toujours un contrôle absolu sur le Japon. Des vestiges de la culture de l'ère Meiji sont visibles dans la ville, mais la science et la cosmologie ésotérique japonaise Onmyodo se développent également, dégageant un sentiment de modernité. Pourtant, œuvre dans l'ombre Kuchinawa, un groupe dissident qui cherche à assassiner le shôgun et à faire tomber le régime. Pour les éliminer, le gouvernement envoie ses bourreaux à travers l'organisation secrète Nue. Yukimura Sawa en fait partie. Toute sa famille a été assassinée par le chef de Kuchinawa et elle a juré de consacrer sa vie à venger leur mort...

Ryota Sakamoto est un jeune homme adepte du jeu Btooom! et classé 10e meilleur joueur au monde. Mais du jour au lendemain, sans savoir pourquoi, il est enlevé par des hommes en noir et se retrouve perdu sur une île déserte. Pour survivre, il va devoir suivre les mêmes règles que dans son jeu vidéo favori : repérer les autres personnes perdues sur l’île comme lui et les tuer à l’aide des mêmes types de bombes que dans le jeu. Il se retrouve désormais plongé dans un Battle Royal avec les risques que ça comporte.

L'histoire de Outbreak Company s'inspire du light novel du même nom écrit par Ichiro SAKAKI.Difficile de ne pas être un otaku, si , comme Kanou Shinichi, on a un père qui écrit des Light Novels et une mère qui illustre des Visuals Novels. Par contre cela ne lui confère pas de super pouvoirs : il a uniquement une connaissance énorme et impeccable du Moe. Un jour il se retrouve transporté dans un monde où vivent des elfes et volent des dragons. Contrairement à ce qu'on pourrait attendre, il ne se trouve pas investi d'une quête, comme tuer un monstre ou autre. Pas du tout. On lui demande de devenir un ambassadeur de la culture de ce monde, un "missionnaire moé" !Lui vient alors l'idée de construire une école. Au début, tout se passe de façon plutôt agréable et amusante. Mais il devra faire face à de plus en plus de problèmes sérieux : la discrimination, les conflits entre les pays frontaliers, des problèmes de classe sociale, du sabotage par des éléments opposés à son action, le gouvernement japonais inclus ! Pourra-t-il faire face à tous ces obstacles et inculquer la culture moé dans ce monde ? Voire aider sa population ?