Alors que Pie XIII est toujours dans le coma, un premier conclave tumultueux est organisé afin d'élire un nouveau pape. Sir John Brannox, un aristocrate britannique modéré et sophistiqué, est propulsé nouveau souverain pontife presque malgré lui, grâce aux manœuvres du secrétaire d'Etat du Vatican, Angelo Voeillo. Sous le règne de Jean-Paul III, l'Eglise va se retrouver notamment aux prises avec une grève des nonnes dans la chapelle Sixtine.

The young pope raconte le début du règne de Pie XIII. Un jeune pape complexe et contradictoire, d’un conservatisme pouvant flirter avec l’obscurantisme le plus archaïque, et pourtant éperdu de compassion envers les plus pauvres et les plus faibles.  Un homme charismatique et imprévisible, au pouvoir immense.