Kaede Komura, un collégien un peu timide, aime en secret sa camarade de classe assise à côté de lui, Ai Mie. Il cherche sans cesse son regard à travers ses lunettes qu’elle a tendance à oublier très souvent ! Résolu à lui adresser plus souvent la parole, Komura cherche à se rapprocher d’elle en devenant son plus grand soutien…

Selon une légende urbaine, un shinigami peut soulager les gens de leur souffrance. Cet « Ange de la Mort » a un nom : Boogiepop. Et la légende dit vrai. Boogiepop existe vraiment. Lorsque plusieurs lycéennes de Shinyo sont soudain portées disparues, la police et l’école pensent avoir affaire à une série de fugues. Mais certains lycéens ne sont pas de cet avis. Il se trame quelque chose d’étrange et de malsain. Serait-ce Boogiepop, ou un phénomène plus sinistre encore ?

Nous sommes à une époque où l'humanité coexiste avec une intelligence artificielle introduite dans des androïdes. Ce sont les hIE et ils sont bien plus intelligents que l'espèce humaine. Un jour, Arato Endo, un jeune homme âgé de 17 ans fait la rencontre de Lacia, une hIE qui est équipée d'un étrange dispositif noir en forme de cercueil. Que donnera cette rencontre, et quels seront ces effets sur l'avenir du monde ?