L'histoire nous entraîne dans le quotidien de Shiki, un orphelin qui a été élevé par des animatroniques dotés d'une conscience dans un parc d'attraction abandonné nommé Granbell Kingdom. Un jour, Rebecca et son chat Happy se rendent à ce parc afin d'enregistrer des vidéos pour le site B-Cube, un cousin éloigné de YouTube. Peu de temps après leur arrivée, ils se font enlever par les résidents du parc. En réalité, il s'agit d'une mise en scène qui est censée forcer Shiki à quitter la planète avec Rebecca et Happy étant donné que les batteries des animatroniques sont en fin de vie. Après vaincu à contre contrecœur les robots, Shiki s'échappe de la planète en compagnie de Rebecca et Happy avec pour but d'explorer le Cosmos Sakura et ainsi trouver Mother, déesse mystérieuse de l'univers.
Entraîneur du club de badminton du lycée de Kitakomachi, Kentarô Tachibana est inquiet : son équipe compte si peu de membres qu'elle ne peut même pas participer à des compétitions. Il tombe pourtant sur Ayano Hanesaki, une lycéenne qui grimpe aux arbres avec une étonnante agilité. Il tente alors de la convaincre de rejoindre son club, mais Ayano déteste le badminton…
Fate/Zero se déroule dix ans avant les évènements de Fate/stay Night qui raconte en détails ce qui s'est passé lors de la quatrième guerre du Saint Graal dans la ville de Fuyuki. À la suite de trois guerres sans vainqueurs, la quatrième guerre débute enfin...Cette guerre se fait affronter par les familles Einzbern, Matō, et Tōsaka depuis des siècles. Bien que Kiritsugu qui est au côté de Saber, ait longtemps désiré être un héros aux yeux de tous, il a définitivement abandonné le Saint Graal lorsqu'il a réalisé que ceci entraînait forcément la mort d'une autre vie. Pour le bien de l'humanité, il sera prêt à détruire quiconque se mettra en travers de la paix.
L'histoire nous entraîne au milieu une guerre ayant lieu en plein Système solaire. Tout commence lorsqu'en 1972, les membres d'Apollo 17, la dernière mission envoyée sur la Lune, découvrent l'existence d'un portail permettant de communiquer avec Mars. À présent, les habitants de Mars sont devenus belliqueux et souhaitent ni plus ni moins qu'exterminer ceux de la Terre. Nous découvrirons les conséquences de ce conflit, non seulement sur les gouvernements respectifs, mais aussi sur les populations des deux planètes...
Le terme « I-Machine » désigne les robots qui sont utilisés dans des environnements extrêmes. Un jour, Maya Mikuri, membre de l'académie de l'Alliance qui apprend comment bien exploiter une I-Machine se retrouve impliquée dans un incident causé par des pirates et elle finit par se retrouver malgré elle dans un vaisseau spatial d'une compagnie qui travaille dans le milieu de l'excavation.
Dans le pays de Fiore, il existe parmi le commun des mortels des hommes et des femmes qui manipulent la magie : ils sont appelés des mages. Pour mieux les contrôler, des guildes ont été créées et mises sous la responsabilité du conseil des mages. Outre la nécessité de contrôle des mages, ce réseau a une autre utilité, en effet il permet de fournir un large choix de mages au client, et un large choix de missions au mage par le biais des avis. Parmi toutes ces guildes, une en particulier fait beaucoup parler d'elle : bien sûr par les actes réalisés par ses membres, mais aussi (et surtout) pour les dégâts collatéraux provoqués par ces mêmes membres à chaque mission qu’ils effectuent. Cette guilde s’appelle Fairy Tail. L'histoire se focalise notamment sur les missions effectuées par l'une des équipes de mages de Fairy Tail, composée de Natsu, Lucy et Happy, auxquels viendront se greffer assez rapidement Erza et Grey.
Dans le Tokyo impérial, le groupe des Jaegers traque secrètement les vampires à la recherche de l'arche de Sirius. Parmi eux se trouve un jeune loup-garou, Yuliy.