L'histoire se centre sur Yōta Narukami, un lycéen qui passe ses journées à se préparer aux examens universitaires. Un jour, une jeune fille nommée Hina qui prétend être « Dieu » lui annonce que la fin du monde arrive dans 30 jours. Même s'il est dans un premier temps confus par les dires de cette personne, il est rapidement convaincu lorsqu'il est témoin des pouvoirs de prédictions de ce Dieu.C'est ainsi qu'Hina décide d'habiter chez Yōta pour passer ces 30 derniers jours avec lui.

Naruto Uzumaki est un jeune garçon de 12 ans du village caché de Konoha dans le pays du Feu. Il est rejeté par tous les habitants du village car il porte en lui le démon Renard à neuf queues Kyuubi, scellé en lui à sa naissance par le 4 ème Hokage de Konoha. Son rêve est de devenir à son tour Hokage et être le plus fort d'entre eux pour prouver aux habitants du village sa valeur. Finalement Naruto va trouver en Iruka, son sensei, un père qui va le protéger de la solitude grâce à cette aide il va franchir de nombreuse étapes. Sasuke Uchiha et Sakura Haruno sont ses deux camarades d'équipes ninja. Sasuke dernier descendant du clan le plus réputé de Konoha méprise Naruto et ce dernier n'a qu'une envie: le dépasser (et sortir avec la jolie Sakura... ). En progressant et au fil de la série, Naruto va rencontrer des adversaires de plus en plus fort qui vont lui permettre de progresser sur la route de son but final : devenir Hokage du Village de Konoha

C'est l'année de la destinée et Kamui Shirō, un puissant psychicien de 15 ans, est retourné à Toyko après une absence de 6 ans. Il retourne pour protéger ses amis d'enfance, mais le destin s'empare de lui et de ses proches. C'est sa destinée de décider du sort du monde et de l'humanité, peu importe s'il veut ou non le rôle.