Michael Scofield s'engage dans une véritable lutte contre la montre : son frère Lincoln est dans le couloir de la mort, en attente de son exécution. Persuadé de son innocence mais à court de solutions, Michael décide de se faire incarcérer à son tour dans le pénitencier d'état de Fox River pour organiser leur évasion...
Partout dans le monde, un certain nombre d'individus en apparence ordinaires se révèlent dotés de capacités hors du commun : la régénération cellulaire, la téléportation, la télépathie... Ils ne savent pas ce qui leur arrive, ni les répercussions que tout cela pourrait avoir. Ils ignorent encore qu'ils font partie d'une évolution qui va changer le monde à jamais !
En échange d'une remise de peine, des détenus spécialistes de l'évasion aident des U.S. Marshals à retrouver des évadés. Ils gagnent un peu de réduction de peine à chaque évadé repris. En revanche, si l'un d'entre eux tente de s'enfuir, tous retournent en prison et leur peine sera doublée.