Il y a huit ans, Citadel, agence internationale indépendante d'espionnage, est détruite par l'organisation Manticore. Les agents d'élite Mason Kane (Richard Madden) et Nadia Sinh (Priyanka Chopra Jonas) frôlent la mort et leur mémoire est effacée. Huit ans après, l'ancien collègue de Mason, Bernard Orlick (Stanley Tucci) l'appelle à l'aide pour empêcher Manticore d'imposer un nouvel ordre mondial.

Dans un futur proche, le cerveau de chacun est connecté à un même système. Chaque interaction, chaque émotion, chaque souvenir peut être partagé instantanément. Tom, dont le père en est l’inventeur, s’en méfie, surtout lorsqu’il apprend qu'il a l’intention de pousser les curseurs encore plus loin...

En 2016, l'espace aérien terrien est envahi de vaisseaux extraterrestres. Ces aliens, qui préfèrent rester dans l'ombre, assurent être venus en paix pour aider les humains à évoluer et atteindre leur âge d'or. Ils choisissent un modeste fermier de l'Amérique profonde pour servir d'intermédiaire entre leur peuple et les hommes. Pour prouver leur bonne foi, ils mettent fin aux guerres, aux maladies et à la famine. Cette intrusion n'est pas forcément bien vécue par l'ensemble de la population terrienne. Certains ont du mal à faire confiance et s'interrogent : quelle peut bien être la motivation de ces étrangers ? Qu'attendent-ils en retour ? Et quand révèleront-ils leur vrai visage ?