Dans un monde où le Japon a principalement tourné ses activités et ses ressources vers la mer, il est devenu crucial pour le pays de développer de gros moyens pour protéger ce milieu. Afin d'y parvenir, le gouvernement a fondé des écoles pour former des "Blue Mermaids", c'est-à-dire des jeunes filles chargées de protéger les côtes nippones. Akeno Misaki est l'une de ces apprenties "Blue Mermaids". Elle et ses amies travaillent dur pour apprendre toutes les compétences nécessaires pour ce métier, mais c'est loin d\'être facile.

Bien qu'admirée à l'école pour sa gentillesse et ses prouesses académiques, Kyôko Hori est cependant différente chez elle. Avec ses parents souvent absents pour travailler, Hori doit s'occuper de son jeune frère et faire le ménage, l'empêchant ainsi de se socialiser en dehors de l'école.Izumi Miyamura, un camarade de classe d'Hori, est considéré comme un otaku maussade avec ses grandes lunettes, ses longs cheveux et sa nature timide et calme. Cependant, il est en réalité une personne gentille et serviable possédant neuf piercings cachés derrière ses longs cheveux et un tatouage le long du dos et de l'épaule gauche.Un jour, Hori et Miyamura se croisent en dehors de l'école par pur hasard. Comment ces deux personnes vont réagir en découvrant la face cachée de l'autre ?

L’académie Shûchiin compte parmi ses rangs les élèves les plus brillants, sur lesquels tous les espoirs reposent. Un jour, au BDE, la vice-présidente Kaguya Shinomiya et le président Miyuki Shirogane se rencontrent et tout laisse à penser qu’ils se plaisent. Mais six mois s’écoulent sans que rien ne se passe ! Ils sont tous deux aveuglés par leur fierté, et ne cherchent qu’à pousser l’autre à se déclarer. Tout le plaisir de l’amour s’éprouve avant qu’il soit avoué ! Une comédie romantique et psychologique qui va faire sensation ! C’est la guerre !

Charlotte est une œuvre originale avec la collaboration des studios Key, d'Aniplex et de P.A. Works. Il est écrit par Jun Maeda et dessiné par l'artiste NAGA, le scénariste et designer d'Angel Beats!.L'histoire nous entraîne dans un monde où certains enfants, durant la puberté, développent des pouvoirs spéciaux. Yū Otosaka est un étudiant de première année, banal, et tout ce qu'il y a de plus normal mais... seulement en apparence car en effet, il est l'un de ces adolescents à posséder des pouvoirs, appelés ESPers. Son pouvoir lui permet de prendre possession de n'importe quel corps de son choix pendant cinq secondes.Il va par la suite faire la mystérieuse rencontre de Nao Tomori, présidente du Bureau des Élèves de l'académie Hoshi-no-Umi qui le mènera à la révélation du sort qui attend tous les détenteurs de ces capacités spéciales...