Selon une légende urbaine, un shinigami peut soulager les gens de leur souffrance. Cet « Ange de la Mort » a un nom : Boogiepop. Et la légende dit vrai. Boogiepop existe vraiment. Lorsque plusieurs lycéennes de Shinyo sont soudain portées disparues, la police et l’école pensent avoir affaire à une série de fugues. Mais certains lycéens ne sont pas de cet avis. Il se trame quelque chose d’étrange et de malsain. Serait-ce Boogiepop, ou un phénomène plus sinistre encore ?

Habitué à être populaire auprès des filles, Kanie Seiya n'est pas étonné de se faire accoster par Isuzu, une nouvelle élève tout fraîchement transférée. Il l'est toutefois beaucoup plus lorsque celle-ci sort un fusil en lui demandant de l’emmener au Parc d'attraction Amagi Brilliant Park. Sous la menace, celui-ci se voit contraint d'accepter et découvre le jour du rendez-vous que le parc n'est plus que l'ombre de lui même. Seiya s'aperçoit en effet que toutes les attractions sont obsolètes et commence rapidement à s'agacer jusqu'au moment où la propriétaire du parc lui propose de devenir le manager afin d'éviter l'imminente fermeture de ce dernier. 

Le terme « I-Machine » désigne les robots qui sont utilisés dans des environnements extrêmes. Un jour, Maya Mikuri, membre de l'académie de l'Alliance qui apprend comment bien exploiter une I-Machine se retrouve impliquée dans un incident causé par des pirates et elle finit par se retrouver malgré elle dans un vaisseau spatial d'une compagnie qui travaille dans le milieu de l'excavation.

Keare est un jeune paysan propulsé héros guérisseur suite à l'apparition d'une marque sur sa main. Malheureusement pour lui le voilà exploité horriblement par ses compagnons héros et par le royaume ; drogué, humilié, et violé constamment, Keare est un être brisé ne souhaitant que la vengeance.Cette chance lui est offerte lorsqu'il comprend que son pouvoir de guérison lui permet en réalité de contrôler les états des éléments (pouvant ainsi faire réapparaître un membre coupé ou pourrir instantanément un corps). Bien décidé à se venger et utilisant ses pouvoirs à son maximum il "rétablit" le monde et le propulse quatre ans en arrière (annulant tous les événements menant à sa déchéance) le jour exact où tout à commencer.Cette fois, Keare compte bien faire payer à tous ceux qui l'ont privé de sa vie.

L’informaticien Ichirô Suzuki, alias Satô, se réveille à l’intérieur du jeu vidéo qu’il était en train de programmer. Comme il connaît bien toutes les fonctions et les recoins du jeu, il se révèle très à l'aise dans ce monde. Cependant, il préfère rester discret à ce sujet et tandis qu’il part à sa découverte, il tente de venir en aide aux différents personnages qu’il croise.