Des enfants, les « Rêves d'Alice », possèdent un mystérieux pouvoir qui leur permet de défier les lois de la physique. Cependant, ils vivent confinés dans un laboratoire secret afin d’être observés, jusqu’au jour où une jeune fille, Sana, parvient à s’échapper. Elle trouve refuge chez un vieil homme bougon, Zôroku, dont le quotidien tranquille se trouve à jamais chamboulé.

Le terme « I-Machine » désigne les robots qui sont utilisés dans des environnements extrêmes. Un jour, Maya Mikuri, membre de l'académie de l'Alliance qui apprend comment bien exploiter une I-Machine se retrouve impliquée dans un incident causé par des pirates et elle finit par se retrouver malgré elle dans un vaisseau spatial d'une compagnie qui travaille dans le milieu de l'excavation.

Dans le pays de Fiore, il existe parmi le commun des mortels des hommes et des femmes qui manipulent la magie : ils sont appelés des mages. Pour mieux les contrôler, des guildes ont été créées et mises sous la responsabilité du conseil des mages. Outre la nécessité de contrôle des mages, ce réseau a une autre utilité, en effet il permet de fournir un large choix de mages au client, et un large choix de missions au mage par le biais des avis. Parmi toutes ces guildes, une en particulier fait beaucoup parler d'elle : bien sûr par les actes réalisés par ses membres, mais aussi (et surtout) pour les dégâts collatéraux provoqués par ces mêmes membres à chaque mission qu’ils effectuent. Cette guilde s’appelle Fairy Tail. L'histoire se focalise notamment sur les missions effectuées par l'une des équipes de mages de Fairy Tail, composée de Natsu, Lucy et Happy, auxquels viendront se greffer assez rapidement Erza et Grey.