Un brillant scientifique, le professeur J. Allen Hynek, est recruté par l'armée de l'air américaine pour mener des enquêtes non-résolues, de simples faits divers à des théories plus farfelues comme l'existence d'extraterrestres.

Des individus avec des capacités neurologiques hors du commun, les Alphas, sont recrutés par une section secrète du gouvernement, le DCIS (« Defense Crime Investigative Service », soit littéralement « Service d'Enquêtes Criminelles de la Défense ») afin d'œuvrer pour le bien-être de la société et arrêter les Alphas mal intentionnés…Leur principal ennemi est le groupe terroriste « Red Flag », (« Drapeau rouge » en version Francophone) qui milite pour la reconnaissance et l'indépendance des Alphas. Il utilise le meurtre et les assassinats pour arriver à ses fins.

Alcoolique en voie de rétablissement et adepte des substances illicites, le conseiller Dave Loudermilk traite mal à peu près tout le monde. Sans jamais s'excuser pour son franc parler, il a réussi à se faire détester de tous. Bien qu'il gère son problème d'alcool, la vie de Loudermilk fait un pas en avant, et 12 en arrière.

Au fin fond du Maine, aux Etats-Unis, Haven est une ville où les malédictions ont sévi pendant plusieurs décennies. L'agent du FBI Audrey Parker est chargée d'enquêter sur d'étranges phénomènes surnaturels qui ont refait surface récemment...