Nous sommes en 2020. Les humains ne peuvent désormais plus se passer du réseau dans leur vie quotidienne. Mais ils ignorent que, de l'autre côté, existe le Monde Digital, un royaume entre ombre et lumière. Ils ne connaissent pas non plus l'existence des Digimon qui y vivent. Tout à coup, le réseau connaît plusieurs dysfonctionnements. Le jeune Taichi Yagami est resté chez lui pendant que sa mère et sa petite sœur sont parties pour le quartier de Shibuya. Mais leur train ne s'arrête plus et tandis que Taichi part vers la gare pour essayer de les sauver, un phénomène étrange le transporte dans le Monde Digital. Il fait alors la connaissance de son nouveau partenaire, Agumon...

Zatch est un petit démon venue du Royaume des Démons avec un livre, remplis de ses sortilèges. Il doit faire équipe avec un humain afin de gagner le "tournoi" auquel il participe, mais Zatch a perdu la mémoire suite à un mauvais atterrissage dans le monde des humains et est recueilli par le professeur Takamine qui, plus tard, l'enverra à son fils : Kiyomaro.Kiyomaro est un jeune homme intelligent et cultivé, mais qui se désintéresse totalement du système scolaire, et préfère paressé. Son père espère que Zatch pourra le sortir de cet état.