Mlle Kobayashi mène une vie ennuyeuse partagée entre son travail au bureau et son minuscule appartement jusqu’au jour où elle sauve la vie d’une dragonne. Se prénommant Thor, cette dernière peut se transformer en humaine, même si des cornes sur sa tête rappellent ses origines. Pour payer sa dette, elle décide de rester chez Mlle Kobayashi et de se mettre à son service…
L’histoire tourne autour d’un gamer de génie nommé Kazuto « Kirito » Kirigaya qui entre dans une réalité virtuelle massivement multi-joueurs en ligne (MMO) appelé Sword Art Online. La particularité du jeu est sa dangerosité. En effet, il n’y a pas d’échappatoire à ce monde, sauf si le joueur termine entièrement le jeu, car tout « game over » signifie la mort du joueur dans la réalité.