Des individus avec des capacités neurologiques hors du commun, les Alphas, sont recrutés par une section secrète du gouvernement, le DCIS (« Defense Crime Investigative Service », soit littéralement « Service d'Enquêtes Criminelles de la Défense ») afin d'œuvrer pour le bien-être de la société et arrêter les Alphas mal intentionnés…Leur principal ennemi est le groupe terroriste « Red Flag », (« Drapeau rouge » en version Francophone) qui milite pour la reconnaissance et l'indépendance des Alphas. Il utilise le meurtre et les assassinats pour arriver à ses fins.

Eric Draven, musicien, et sa fiancée sont sauvagement assassinés. Un an après, un corbeau ramène à la vie Eric. Désormais, il n'a qu'une idée en tête : se venger et rétablir la justice.

Au cours de la 10ème année de la première guerre contre les Cylons, le jeune pilote de Viper Bill Adama, alors âgé d'une vingtaine d'années, est assigné au dernier vaisseau de la flotte, le Galactica. Tête brûlé, il est chargé d'une mission secrète particulièrement dangereuse qui pourrait, si elle réussit, changer le cours de l'histoire...