Entraîneur du club de badminton du lycée de Kitakomachi, Kentarô Tachibana est inquiet : son équipe compte si peu de membres qu'elle ne peut même pas participer à des compétitions. Il tombe pourtant sur Ayano Hanesaki, une lycéenne qui grimpe aux arbres avec une étonnante agilité. Il tente alors de la convaincre de rejoindre son club, mais Ayano déteste le badminton…

De mystérieuses créatures volantes appelées Zai ont subitement apparu, surpassant n'importe quelle force de combat aérienne. Pour affronter ces extraterrestres, l'humanité a transformé ses machines volantes afin de créer des soldats mécaniques appelés « Daughters », pilotés par des « Anima », des automates à forme humaine. Notre histoire commence lorsque Kei Narutani, un garçon prêt à prendre son envol, rencontre un avion rouge vif et son pilote, un anima nommé Gripen présenté comme le salut de l'humanité.

Des enfants, les « Rêves d'Alice », possèdent un mystérieux pouvoir qui leur permet de défier les lois de la physique. Cependant, ils vivent confinés dans un laboratoire secret afin d’être observés, jusqu’au jour où une jeune fille, Sana, parvient à s’échapper. Elle trouve refuge chez un vieil homme bougon, Zôroku, dont le quotidien tranquille se trouve à jamais chamboulé.

Le prénom de Yuzaki Nasa, un collégien studieux, s'écrit avec le kanji de «Nuit étoilée», mais il se prononce «Nasa». Pour ne plus que l'on se moque de son nom étrange, il s'est juré de devenir une personne importante. Durant une nuit enneigée, il aperçoit une jeune fille dont il tombe tout de suite amoureux. Cependant, alors qu'il ne fait plus attention à la route, il se fait renverser par une voiture.