Nous sommes à une époque où l'humanité coexiste avec une intelligence artificielle introduite dans des androïdes. Ce sont les hIE et ils sont bien plus intelligents que l'espèce humaine. Un jour, Arato Endo, un jeune homme âgé de 17 ans fait la rencontre de Lacia, une hIE qui est équipée d'un étrange dispositif noir en forme de cercueil. Que donnera cette rencontre, et quels seront ces effets sur l'avenir du monde ?

Ami Kurata est une étudiante en première année à l'université qui ne possède aucune qualité particulière. Un jour, elle décide subitement de s'acheter un vélo avec toutes ses économies. Elle découvre ensuite l'univers des courses cyclistes et forme une équipe avec quatre autres étudiantes, Fortuna.

Habitué à être populaire auprès des filles, Kanie Seiya n'est pas étonné de se faire accoster par Isuzu, une nouvelle élève tout fraîchement transférée. Il l'est toutefois beaucoup plus lorsque celle-ci sort un fusil en lui demandant de l’emmener au Parc d'attraction Amagi Brilliant Park. Sous la menace, celui-ci se voit contraint d'accepter et découvre le jour du rendez-vous que le parc n'est plus que l'ombre de lui même. Seiya s'aperçoit en effet que toutes les attractions sont obsolètes et commence rapidement à s'agacer jusqu'au moment où la propriétaire du parc lui propose de devenir le manager afin d'éviter l'imminente fermeture de ce dernier. 

L’établissement Fumizuki est une école très particulière qui répartit ses élèves en six classes en fonction de leur score lors d’un examen. Les lycéens ayant les meilleurs résultats iront dans la classe A où un confort maximal pour étudier est assuré tandis que ceux minimisant l’examen seront envoyés dans la classe F, la plus insalubre.Akihisa Yoshii bien qu’étant l’un des plus mauvais étudiants, espère réussir le devoir afin d’atteindre la plus haute classe possible. Cependant, lors de ce dernier, il perd du temps pour venir en aide à une de ses camarades de classe, nommée Himeji, qui finit par s’évanouir. De ce fait, Yoshii et elle se retrouvent ensemble dans la classe F. Devant l’état déplorable des conditions de travail, la classe F décide de former une rébellion à l’aide de l’ESB. Ce système propre à l'établissement permet aux élèves d’invoquer une miniaturisation d’eux-mêmes et d’affronter les classes supérieures pour échanger leur place. La force de leur invocation dépendant uniquement de leur dernier résultat aux examens, la classe F part avec un sérieux handicap dans cette bataille où tous les coups sont permis.