Dans un futur lointain, alors que la race humaine a perdu le sens de la vue, la société a dû trouver d'autres façons d'intéragir, de chasser, de construire et tout simplement de survivre. Cet équilibre est bousculé le jour où des jumeaux naissent avec la capacité de voir. Baba Voss, le patriarche, doit alors protéger son clan contre une reine puissante qui veut les détruire, persuadée qu'il s'agit de sorcellerie.

Une nouvelle Porte des étoiles découverte dans la cité perdue d'Atlantis, au milieu des glaces de l'Antarctique, devient la nouvelle base secrète de l'armée. L'équipe Stargate : Atlantis a pour mission d'explorer la galaxie Pegase, où de nombreuses planètes ont été peuplées par la civilisation humaine qui vivait autrefois dans la cité d'Atlantis. Dans cet univers encore inconnu de la Terre, la nouvelle équipe d'explorateurs rencontrera un nouvel ennemi craint de tous : The Wraith...