Des agents du FBI de la promo de 2009 se retrouvent suite au décès d’un des leurs. A travers trois lignes temporelles étalées sur trois décennies, ce thriller explore les fondements de la justice, la nature humaine et à quel point les choix peuvent déterminer notre avenir.
Durant la Seconde Guerre mondiale, des histoires intimes sur fond d'événements qui sont entrés dans l'Histoire.
En 1973, l'agent John Bentley, envoyé à Berlin pour une mission de la CIA, a été capturé par le KGB et placé sous le programme expérimental Tsikada pour prendre le contrôle de son esprit... De nos jours, l'Opération Treadstone, le programme de conversion secret de la CIA qui a façonné Jason Bourne, a été réinitialisé. Partout dans le monde, des agents dormants, qui ont vécu durant des années dans l'ombre tels des citoyens ordinaires, sont "réveillées" et affectés à de dangereuses missions. Parmi eux, Doug Mckenna, ouvrier américain sur une plateforme pétrolière dans l'Arctique, et Soyun Pak, mère et épouse sans histoire en Corée du Nord, se découvrent d'incroyables capacités de combat.
Le secret du neuvième chevron est dévoilé et une équipe est envoyée pour explorer l'autre côté de cet horizon : un gigantesque vaisseau appelé le Destiny. Créée par les "Anciens" des millions d'années plus tôt, cette expérience sous forme de navire ne peut être contrôlée. Le Destiny doit exécuter sa mission originelle : traverser l'univers et rencontrer de nouvelles formes de vie.