Dans le futur, un groupe d’adolescents a la capacité de combattre des créatures surnaturelles. Surnommées Phantoms, ces dernières apparaissent parfois dans notre monde. Ils sont également confrontés à une organisation secrète qui tente de tirer profit de ces monstres. Au cours de leurs actions, ces jeunes élèves découvriront ainsi la terrible vérité sur le monde qu’ils habitent…

Il y a dix ans, un grand cataclysme a anéanti l'ancien monde. Depuis, des êtres dotés d'un pouvoir spécial leur permettant de réaliser leur souhait sont apparus. On les appelle les Orders. Eiji est l'un d'eux. Et il pense être celui qui a tout déclenché par son souhait il y a dix ans. Eiji détient-il un pouvoir si puissant et dévastateur ?

Lorsqu'il était enfant, Murakami passait son temps avec une fille nommée Kuroneko. Celle-ci croyait en l'existence des aliens et un jour, elle décida de le lui prouver. Mais un accident arriva : Murakami est grièvement blessé et Kuroneko meurt. Les années passent, sans que Murakami ne puisse oublier son amie et continue de chercher des preuves quant à l'existence des aliens. Un jour, une jeune fille nommée Kuroha Neko fait son apparition en tant que nouvelle élève dans sa classe. Pensant son amie vivante, il la questionne, mais malgré leur troublante ressemblance, il s'avère que la jeune fille ne connaît pas Murakami. Seulement, elle lui révèle qu'un accident le concernant va bientôt avoir lieu...