L'histoire débute dans un jeu qui se nomme Yggdrasil. Tout se passe bien jusqu'à l'annonce de la fin de ce dernier. Nous suivons alors les aventures du personnage appelé Momonga qui est le mage le plus puissant dans ce jeu. Lors de la désactivation de Yggdrasil, l'apparence de notre héros se décompose pour devenir un squelette. Mais son personnage ne fut pas déconnecté, et suite à cela, il décide de ne pas quitter le jeu mais de le gouverner.

Depuis l'aube des temps, des créatures légendaires nommées Kemono vivent cachées des humains. Mais dans l'ombre, les deux espèces se sont mélangées donnant naissance à des hybrides de sang-mêlé. Parfois monstrueux, parfois innocents, ils sont chassés, détestés par ceux qui connaissent leur existence. Dans un petit village au fin fond des montagnes, Kabane est un jeune garçon orphelin pour qui la vie n'est pas toute rose : surnommé « le bouseux », considéré comme un moins-que-rien, il est maltraité, méprisé et rejeté par tous. Jusqu'au jour où Inugami, un détective tokyoïte, arrive pour enquêter sur la mort mystérieuse d'animaux en décomposition...

L'équipe de baseball du collège Takagi termine sa saison sans une seule victoire. Son lanceur, Eijun Sawamura, a à coeur de prendre sa revanche avec ses coéquipiers, une fois au lycée.

Dans un monde régi par la magie, Yuno et Asta ont grandi ensemble avec un seul but en tête : devenir le prochain Empereur-Mage du royaume de Clover. Mais si le premier est naturellement doué, le deuxième, quant à lui, ne sait pas manipuler la magie. C'est ainsi que lors de la cérémonie d'attribution de leur grimoire, Yuno reçoit le légendaire grimoire au trèfle à quatre feuilles tandis qu'Asta, lui, repart bredouille. Or, plus tard, un ancien et mystérieux ouvrage noir décoré d'un trèfle à cinq feuilles surgit devant lui ! Un grimoire d’anti-magie…

Shôyô Hinata, surnommé Shô, aime plus que tout jouer au volley-ball et ce, malgré sa petite taille. Malheureusement, suite à une sévère défaite, son club de collège a été dissous, tous les membres étant partis. Mais Shô est bien décidé à jouer de nouveau et choisit son futur lycée en fonction de son ambition. Il intègre donc le lycée Karasuno, où a joué son idole, le Petit Géant, tout en espérant faire aussi bien que lui.

Alors que les démons se sont réveillés et que l'humanité est dans la tourmente, un jeune démon sensible est poussé dans une guerre brutale contre le mal par son ami Ryo.