Nous sommes en l'an 2035. Les quelques milliers d'habitants qui restent sur notre planète sont contraints de vivre sous terre. La surface du globe est devenue inhabitable à la suite d'un virus ayant décimé 99% de la population. Les survivants mettent tous leurs espoirs dans un voyage à travers le temps pour découvrir les causes de la catastrophe et la prévenir. C'est James Cole, hanté depuis des années par une image incompréhensible, qui est désigné pour cette mission.

Ex-criminelle devenue agent secret au sein d'une organisation mystérieuse, Nikita se retourne contre ses employeurs, quand ceux-ci font assassiner l'homme qu’elle aime. Un drame qui lui ouvre les yeux, lui faisant réaliser que la Division transforme des jeunes désorientés en machine à tuer pour servir d’obscurs desseins. Alors que Nikita se promet de détruire la Division, Michael, l'agent qui l'a créée, responsable depuis de nouvelles recrues, est chargé de la "ramener" !